Во флоре Каменной Балки зафиксировано 234 видам сосудистых растений, 11 из которых отнесено к редким, подлежащим охране.
Несмотря на то, что здесь запрещены выжигание травы, покос трав, охота, все виды земляных (кроме археологических) и строительных (кроме коммуникационных) работ, проезд автотранспорта (кроме аварийных служб), – какие-то условия явно не выполняются. По крайней мере, со стороны трассы на Таганрог велись земляные работы. В результате исчезли озеро и грот в толще песчаника. Ну а сама балка заросла деревьями и кустарниками; к ручью, текущему по её дну, и не подойти. Но вот на высоких склонах можно видеть прекрасные растения, ковыльное раздолье….